微波殺菌設備用微波照射過的點心和食品，使其保鮮期得到延長。尤其是點心切片后切面會污染，若在包裝物的外部照射一下，可起到防霉的效果。將點心用塑料袋裝后再集中一批裝入紙箱前，要經過傳送帶再用微波照射一下，防霉效果會更好。此外，除了適應微波照射，點心的包裝材料也要適當變化一下。防霉、殺菌裝置若是應付小批量可以用一般的微波爐即可，對大批量、大容量使用微波殺菌設備，以保證加熱溫度均勻。